El Fondo de Alianzas para los Ecosistemas Críticos, es una iniciativa conjunta de la Agencia Francesa de Desarrollo, Conservación Internacional, la Unión Europea, la Fundación Hans Wilsdorf, el Fondo para el Medio Ambiente Mundial, el Gobierno de Japón y el Banco Mundial. El programa del CEPF en los Andes Tropicales está financiado por el Gobierno de Canadá a través de Asuntos Globales Canadá. La meta fundamental es asegurar que la sociedad civil se dedique a conservar la diversidad biológica.

En los Andes Tropicales la iniciativa es liderada por el Equipo Regional de Implementación -RIT- el cual está conformado por Patrimonio Natural en Colombia, Profonanpe en Perú, ACEAA en Bolivia y Futuro Latinoamericano en Ecuador. El objetivo del Fondo es apoyar con donaciones a organizaciones de la sociedad civil que trabajan en la conservación de lugares estratégicos para la biodiversidad. Específicamente, el CEPF concede donaciones a organizaciones no gubernamentales y del sector privado, así como a individuos, para que puedan conservar ecosistemas críticos, ubicados en “hotspots” o “sitios calientes” de biodiversidad. Los recursos llegan directamente a grupos de la sociedad civil para fortalecer la conservación, en trabajo conjunto con socios gubernamentales